MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia burgdorferi N40 plasmid N40_cp32-7

Total Repeats: 352

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017422	TCAA	2	8	42	49	50 %	25 %	0 %	25 %	387827904
2	NC_017422	TA	3	6	103	108	50 %	50 %	0 %	0 %	387827904
3	NC_017422	CAAAC	2	10	188	197	60 %	0 %	0 %	40 %	387827904
4	NC_017422	A	8	8	207	214	100 %	0 %	0 %	0 %	387827904
5	NC_017422	ATA	2	6	221	226	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387827904
6	NC_017422	AATT	2	8	306	313	50 %	50 %	0 %	0 %	387827904
7	NC_017422	GTTT	2	8	326	333	0 %	75 %	25 %	0 %	387827904
8	NC_017422	AAT	2	6	387	392	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387827905
9	NC_017422	TAA	2	6	407	412	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387827905
10	NC_017422	TTG	2	6	424	429	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387827905
11	NC_017422	TGA	2	6	437	442	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387827905
12	NC_017422	CTC	2	6	499	504	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387827905
13	NC_017422	GGACT	2	10	510	519	20 %	20 %	40 %	20 %	387827905
14	NC_017422	A	6	6	566	571	100 %	0 %	0 %	0 %	387827905
15	NC_017422	TAA	2	6	610	615	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387827905
16	NC_017422	ACT	2	6	624	629	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387827905
17	NC_017422	ACA	2	6	637	642	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387827905
18	NC_017422	AT	3	6	649	654	50 %	50 %	0 %	0 %	387827905
19	NC_017422	T	8	8	657	664	0 %	100 %	0 %	0 %	387827905
20	NC_017422	TGA	2	6	802	807	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387827906
21	NC_017422	ATT	2	6	830	835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387827906
22	NC_017422	TCT	2	6	839	844	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387827906
23	NC_017422	GAA	3	9	857	865	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387827906
24	NC_017422	TAAT	2	8	867	874	50 %	50 %	0 %	0 %	387827906
25	NC_017422	T	7	7	887	893	0 %	100 %	0 %	0 %	387827906
26	NC_017422	TGG	2	6	907	912	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387827906
27	NC_017422	GCT	2	6	923	928	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387827906
28	NC_017422	GAA	2	6	932	937	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387827906
29	NC_017422	TCT	2	6	944	949	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387827906
30	NC_017422	AT	3	6	1043	1048	50 %	50 %	0 %	0 %	387827906
31	NC_017422	CTA	2	6	1086	1091	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387827906
32	NC_017422	AAC	2	6	1138	1143	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387827906
33	NC_017422	TACTT	2	10	1153	1162	20 %	60 %	0 %	20 %	387827906
34	NC_017422	AAAGT	2	10	1253	1262	60 %	20 %	20 %	0 %	387827906
35	NC_017422	ATT	2	6	1331	1336	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387827906
36	NC_017422	T	6	6	1382	1387	0 %	100 %	0 %	0 %	387827906
37	NC_017422	A	8	8	1490	1497	100 %	0 %	0 %	0 %	387827906
38	NC_017422	ATG	2	6	1515	1520	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387827906
39	NC_017422	AGAT	2	8	1546	1553	50 %	25 %	25 %	0 %	387827906
40	NC_017422	A	6	6	3084	3089	100 %	0 %	0 %	0 %	387827907
41	NC_017422	ATTAA	2	10	3098	3107	60 %	40 %	0 %	0 %	387827907
42	NC_017422	CTT	2	6	3113	3118	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387827907
43	NC_017422	TTC	2	6	3189	3194	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387827907
44	NC_017422	TTA	2	6	3203	3208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387827907
45	NC_017422	A	7	7	3278	3284	100 %	0 %	0 %	0 %	387827907
46	NC_017422	AT	3	6	3354	3359	50 %	50 %	0 %	0 %	387827908
47	NC_017422	TGA	2	6	3382	3387	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387827908
48	NC_017422	A	6	6	3519	3524	100 %	0 %	0 %	0 %	387827908
49	NC_017422	TCAA	2	8	3525	3532	50 %	25 %	0 %	25 %	387827908
50	NC_017422	TGA	2	6	3553	3558	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387827908
51	NC_017422	A	7	7	3558	3564	100 %	0 %	0 %	0 %	387827908
52	NC_017422	AGGA	2	8	3597	3604	50 %	0 %	50 %	0 %	387827908
53	NC_017422	CTAT	2	8	3609	3616	25 %	50 %	0 %	25 %	387827908
54	NC_017422	AAT	2	6	3629	3634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387827908
55	NC_017422	TAAC	2	8	3679	3686	50 %	25 %	0 %	25 %	387827909
56	NC_017422	AGTAA	2	10	3735	3744	60 %	20 %	20 %	0 %	387827909
57	NC_017422	T	6	6	3749	3754	0 %	100 %	0 %	0 %	387827909
58	NC_017422	AT	3	6	3764	3769	50 %	50 %	0 %	0 %	387827909
59	NC_017422	GAA	2	6	3816	3821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387827909
60	NC_017422	ACA	2	6	3841	3846	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387827909
61	NC_017422	ATA	2	6	3852	3857	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387827909
62	NC_017422	TCACT	2	10	3892	3901	20 %	40 %	0 %	40 %	387827909
63	NC_017422	A	6	6	3927	3932	100 %	0 %	0 %	0 %	387827909
64	NC_017422	CTA	2	6	3982	3987	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387827910
65	NC_017422	TTGCT	2	10	3989	3998	0 %	60 %	20 %	20 %	387827910
66	NC_017422	CAC	2	6	4008	4013	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387827910
67	NC_017422	AGA	2	6	4029	4034	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387827910
68	NC_017422	ATT	2	6	4048	4053	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387827910
69	NC_017422	TATGT	2	10	4099	4108	20 %	60 %	20 %	0 %	387827910
70	NC_017422	AGTTAA	2	12	4137	4148	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	387827910
71	NC_017422	AT	3	6	4237	4242	50 %	50 %	0 %	0 %	387827910
72	NC_017422	A	7	7	4255	4261	100 %	0 %	0 %	0 %	387827910
73	NC_017422	TAA	2	6	4287	4292	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387827910
74	NC_017422	CAA	2	6	4432	4437	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387827911
75	NC_017422	AT	3	6	4464	4469	50 %	50 %	0 %	0 %	387827911
76	NC_017422	TTA	2	6	4477	4482	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387827911
77	NC_017422	AAC	2	6	4495	4500	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387827911
78	NC_017422	AGAT	2	8	4675	4682	50 %	25 %	25 %	0 %	387827911
79	NC_017422	AT	3	6	4708	4713	50 %	50 %	0 %	0 %	387827911
80	NC_017422	AGA	2	6	4744	4749	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387827911
81	NC_017422	AT	3	6	4762	4767	50 %	50 %	0 %	0 %	387827911
82	NC_017422	AGA	2	6	4798	4803	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387827911
83	NC_017422	ATT	2	6	5096	5101	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387827912
84	NC_017422	TTGT	2	8	5102	5109	0 %	75 %	25 %	0 %	387827912
85	NC_017422	ATACTA	2	12	5143	5154	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	387827912
86	NC_017422	CAAA	2	8	5157	5164	75 %	0 %	0 %	25 %	387827912
87	NC_017422	AGA	2	6	5195	5200	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387827912
88	NC_017422	ACA	2	6	5204	5209	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387827912
89	NC_017422	AGA	2	6	5228	5233	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387827912
90	NC_017422	A	6	6	5263	5268	100 %	0 %	0 %	0 %	387827912
91	NC_017422	ATG	2	6	5335	5340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387827912
92	NC_017422	ATAAA	2	10	5341	5350	80 %	20 %	0 %	0 %	387827912
93	NC_017422	ATG	2	6	5398	5403	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387827912
94	NC_017422	AAC	2	6	5407	5412	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387827912
95	NC_017422	A	6	6	5413	5418	100 %	0 %	0 %	0 %	387827912
96	NC_017422	GGT	2	6	5432	5437	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387827912
97	NC_017422	GTG	2	6	5452	5457	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387827912
98	NC_017422	ACT	2	6	5484	5489	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387827912
99	NC_017422	TGG	2	6	5501	5506	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387827912
100	NC_017422	AT	3	6	5562	5567	50 %	50 %	0 %	0 %	387827913
101	NC_017422	TCTT	2	8	5578	5585	0 %	75 %	0 %	25 %	387827913
102	NC_017422	T	6	6	5584	5589	0 %	100 %	0 %	0 %	387827913
103	NC_017422	ATC	2	6	5668	5673	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387827913
104	NC_017422	T	7	7	5698	5704	0 %	100 %	0 %	0 %	387827913
105	NC_017422	CAT	3	9	5769	5777	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387827913
106	NC_017422	TAT	2	6	5811	5816	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387827913
107	NC_017422	T	7	7	5816	5822	0 %	100 %	0 %	0 %	387827913
108	NC_017422	T	6	6	5843	5848	0 %	100 %	0 %	0 %	387827913
109	NC_017422	TTA	2	6	5909	5914	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387827913
110	NC_017422	T	7	7	5930	5936	0 %	100 %	0 %	0 %	387827913
111	NC_017422	T	7	7	5951	5957	0 %	100 %	0 %	0 %	387827913
112	NC_017422	CTTG	2	8	5982	5989	0 %	50 %	25 %	25 %	387827913
113	NC_017422	TTTTCG	2	12	6002	6013	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	387827913
114	NC_017422	ATT	2	6	6016	6021	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387827913
115	NC_017422	TGC	2	6	6031	6036	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387827913
116	NC_017422	CACTT	2	10	6046	6055	20 %	40 %	0 %	40 %	387827913
117	NC_017422	ACA	2	6	6134	6139	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387827913
118	NC_017422	TAA	2	6	6240	6245	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387827913
119	NC_017422	TCT	2	6	6335	6340	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387827913
120	NC_017422	ATT	3	9	6469	6477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387827913
121	NC_017422	CAA	2	6	6925	6930	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387827914
122	NC_017422	A	6	6	6980	6985	100 %	0 %	0 %	0 %	387827914
123	NC_017422	A	6	6	6989	6994	100 %	0 %	0 %	0 %	387827914
124	NC_017422	A	7	7	7002	7008	100 %	0 %	0 %	0 %	387827914
125	NC_017422	CACTA	2	10	7057	7066	40 %	20 %	0 %	40 %	387827914
126	NC_017422	TAC	2	6	7124	7129	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387827914
127	NC_017422	A	6	6	7184	7189	100 %	0 %	0 %	0 %	387827914
128	NC_017422	CAA	2	6	7207	7212	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387827914
129	NC_017422	A	6	6	7228	7233	100 %	0 %	0 %	0 %	387827914
130	NC_017422	TAG	2	6	7288	7293	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387827914
131	NC_017422	TAA	2	6	7318	7323	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387827914
132	NC_017422	ATA	2	6	7326	7331	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387827914
133	NC_017422	AGA	2	6	7336	7341	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387827914
134	NC_017422	AAGA	3	12	7338	7349	75 %	0 %	25 %	0 %	387827914
135	NC_017422	ATT	2	6	7380	7385	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387827914
136	NC_017422	AAT	2	6	7388	7393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387827914
137	NC_017422	CAG	2	6	7407	7412	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387827914
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139	NC_017422	TAA	2	6	7497	7502	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387827914
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.